Jag tror senaste Linux Format hade en artikel om hur att hantera Arduino kod med deras bibliotek direkt från AvrDude, där kanske nyttigheter kan inhämtas?
Annars pillar jag lite med AVR-er, mest under Linux och programmerar via AvrDude och endera en "AVR Daragon" eller en Poululo-ISP programmerare (den senare var rätt billig har jag för mig).
En bra AVR resurs är annars
http://www.avrfreaks.net