Intressant teori. Jag ska kolla det, även om jag tror att jag har satt BOOTRST rätt.För att hela programminnet rensas (skrivs med 0xFF) när du programmerar bootloadern. Så du har troligen inte lyckats sätta BOOTRST biten i EFUSE.
*Sannolikt* är det så. Jag kan inte minnas att jag lagt dit den.Notera också att en Ardunio Uno har speciell logik kopplad mellan
den AVR som sköter USB och själva "Ardunio AVR'en". D.v.s att
då det kommer data via USB så kommer Arduinon automatiskt att
resetas. Denna funktion saknas sannolikt din egen uppkoppling.

Det här låter som ett rimligt skäl till varför den uppför sig som den gör. Men då borde det ju gå att trycka reset manuellt i rätt ögonblick. Ska testa det också.