Angående resistor över kollektor - emitter tror jag inte den har någon positiv inverkan. Vid "on" så ska ju transistorn bottna, och vid "off" ska ju pull-up motståndet så snabbt som möjligt dra upp spänningen igen. Så ett CE-motstånd borde motverka ditt syfte.
Angående lysdioden: jag drev den med en AVR-utgång, dvs komplementära mostransistorer - de drar både upp och ner signalen snabbt. Det är nog att rekommendera istället för bara en transistor som leder.
