Nu virrade du bort mig nästan direkt, men du kanske kan sätta en Nano på ditt kort istället för att göra en shield...
https://www.kjell.com/se/sortiment/el-v ... ort-p87965

Jag skulle förstärkt portalen bakåt (både bakom övre och nedre linjärstyrningen) och även utåt sidorna.

En fräs som ska klara stål måste vara extremt stabil. Finns en anledning till att de brukar väga 1-2 ton och då kan man ändå få vibrationer ibland...

Vad har dioden för funktion?

Jag kan relatera dels till lite högt alkoholintag och även det andra du skrev, haha. Men jag håller ändå fast vid att du bör lära dig routa i steg. Det här är för avancerat för en nybörjare. Du får ju t.ex bara rum med max två ledare mellan varje pinne skulle jag säga. Själv brukar jag bara köra med...

Det finns en hel del mycket billiga breakout boards för SMD, exempelvis här: http://www.futurlec.com/SMD_Adapters.shtml
Lite lättare när de dragit pinnarna närmsta vägen och utan korsningar...

Varför inte börja routa ett av alla dina kort så att du lär dig hur du ska göra på resten?
Att bara "få plats" med alla komponenter säger inte mycket.

Synd att alla dina eagle-projekt ska stypa i att det blir ett stort kråkbo av hela routingen. Du måste börja tänka på vilka pinnar som hamnar närmast vilka headers för det där kommer du inte få nån ordning på som det ser ut nu. Vågar inte ens tänka på hur det kommer se ut när du lyckats ansluta alla...

Vet inte var ditt hat mot ytmonterat kommer ifrån, men det är inte svårare att löda ett 1206 motstånd än en DIL16.
Smält lite tenn på ena padden, lyft dit motståndet med pinsett och värm fast, löd fast andra padden. Snabbt och enkelt.

Ja alltså om man säger såhär då, det är i princip omöjligt att du får ihop det där på ett 2-lagers PCB ifall du inte ändrar något och då är det närmast idiotiskt att inte ändra pin-konfigurationen på CPLD'n så att det stämmer med layouten. Sen håller jag med om att du bör köra ytmonterat. Jag menar ...

Det är många grupper av ledningar som korsar varandra. Kan du inte byta pinnar på CPLD:n så att det blir kortare och rakare väg? Är testpunkterna nödvändiga?

Nu var det ett tag sen jag routade men tycker det där ser otroligt jobbigt ut att få ihop. Har du en plan för hur du ska göra?

Det ska stå RT efter PREEMPT ifall det är RT-kernel tydligen, exempel:
Linux LinuxCNC1 4.4.7-rt16 #1 SMP PREEMPT RT x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

SMP = Symmetric Multi-Processors
PREEMPT = PREEMPtable
RT = Real Time

Kerneln heter ju "3.4-9-rtai-686-pae" bör inte det betyda att den har stöd för RTAI? Men om bobobo verkligen menade RTAPI så vet jag inte.
Kan egentligen inte nånting om det här men försöker få nån hum om hur det fungerar.

Det finns "breakout boards" med optokopplare till parallellporten att köpa för CNC-bruk. Kan nog vara användbara även i andra sammanhang.
http://eu.stepperonline.com/5-axis-cnc- ... p-197.html